由于隐形眼镜直接与角膜、结膜、泪膜等部位直接接触，如果配戴和护理不当易引起巨乳头型结膜炎、角膜炎等，因此隐形眼镜要及时清洗。隐形眼镜的清洗包括清洁和消毒两方面，主要步骤如下：
1、清洁：即将留存在镜片上的污物清除干净，晚上取下镜片时，先置于左手掌心，然后滴上清洁液或全护理液数滴，用右手食指将镜片的正反两面轻擦，再用左手拇指及食指轻轻捏住镜片，用新鲜生理盐水或全护理液充分冲洗；
2、消毒：是将清洁好的镜片，使用化学或物理的方法灭菌。隐形眼镜清洁后在镜片盒内注入2/3容量的消毒液或全护理液，将清洁冲洗过的镜片放入镜盒，盖好后浸泡消毒4小时以上，最好过夜。次日晨取出镜片，用生理盐水或全护理液冲洗后即可配戴。一般先右后左依次清洁消毒，
为了更好地清除镜片上沉积的蛋白质，每周可使用高效清洁片1片，放入有镜片的清洁液或全护理液中，浸泡3-4小时，然后再冲洗、消毒后使用。这样处理过的镜片更加清洁、明亮，光学效果较好。隐形眼镜的清洗及配戴过程中要注意手部及配戴工具的卫生，若有眼部不舒服应停止配戴。